En el 2006 Edgardo Bauza armó un gran equipo con algunos jugadores que integraron la selección ecuatoriana de fútbol que jugó el mundial de Alemania 2006. Christian Mora, Néicer Reasco, Paúl Ambrosi, Giovanny Espinoza, Patricio Urrutia, Édison Méndez y Agustín Delgado. A ellos se sumaron Carlos Espínola y Enrique Vera y el peruano Roberto Palacios.
Se produjo la renovación total del equipo albo con la llegada de los jugadores argentinos Norberto Araujo y José Vizcarra. Pese a todos esos aspectos negativos Liga de Quito hizo una gran campaña clasificando al hexagonal final y alcanzando el título nacional ese año.
Liga de Quito integró el Grupo 8 de la competición al igual que Fluminense, clasificando a los octavos de final. Aquí jugó contra Estudiantes de la Plata. En los cuartos de final enfrentó al San Lorenzo de Almagro doblegándolo en penales (5-3).
En las semifinales del torneo jugó contra el América de México y pasó a la final en donde enfrentó a Fluminense y ganó en penales (5-3). Accedió a jugar el Mundial de Clubes donde fue subcampeón. Damián Manso fue el tercer mejor jugador destacado.
Como campeón de la Copa Libertadores 2008, Liga de Quito accedió a jugar la Recopa Sudamericana contra el vencedor de la Copa Sudamericana 2008, el Internacional de Brasil. En partidos de ida y vuelta, el conjunto ecuatoriano ganó de visita 1-0 mientras que en la Casa Blanca, ganó 3-0, alcanzando así el segundo título internacional en la historia del club y del balompié ecuatoriano.
En el segundo semestre de este año, alcanzó la final de la Copa Sudamericana al derrotar a Libertad de Paraguay, Lanús y Vélez Sarsfield de Argentina. En la semifinal, Liga de Quito goleó 7 a 0 al River Plate uruguayo. La final la jugó ante un equipo conocido, el Fluminense en partidos de ida y vuelta siendo campeón.
Al consagrarse como campeón de la Copa Sudamericana 2009, Liga de Quito accedió a jugar la Copa Suruga Bank y nuevamente la Recopa Sudamericana. En el primer certamen, Liga perdió en los penales ante el FC Tokyo de Japón. Mientras que en la Recopa Sudamericana enfrentó al Estudiantes de La Plata.
Además, en ese año, Liga de Quito alcanzó el campeonato nacional de fútbol que se disputó en dos etapas. Los ganadores de cada etapa jugaron una final en partidos de ida y vuelta ante Emelec.
Fue subcampeón de la Copa Sudamericana y eliminado en la Copa Libertadores por Vélez Sarsfield.
Fue una temporada irregular durante el primer semestre del año, terminando sexto en la primera etapa del torneo local para, finalmente, ser tercero en la tabla acumulada de puntos.
Jugó la Copa Libertadores en la fase de grupos ante Gremio de Porto Alegre ganando el partido de ida en Quito por 1-0 y cayendo por similar marcador en Brasil lo que conllevó a que se defina la serie desde el punto penal. El equipo ecuatoriano quedó eliminado. En el torneo local remató la primera etapa en el segundo lugar con 41 puntos, cuatro menos que Emelec que acumuló 45.